改正に関する国交省の資料上の「建築確認手続が不要な場合でも、リフォーム後の建築物は建築基準法の規定に適合している必要があります。」という記載について、当たり前のことを規定したものです。
建築基準法８条により、建築物の所有者などは、建築物を常時適法状態に維持する努力義務を負っておりますが、法的に問題となるのは、皆様の説明義務違反の有無です。
皆様の説明不足が原因で建築物が違法ということに気が付かなかったなどと言われないように対策を講ずる必要があります。