皆様の多くは、遅延損害金を支払う要件として、施工者に帰責事由があることを前提とした契約書を使用されていると思います。
とはいえ、お施主さんからすると、最後の段階になって、変更に伴う負担を説明されても、なかなか納得できないということになります。
変更が生じてしまう時点で、速やかに、お施主さんとの合意書を交わすことが必要だと感上げます。